Y 염색체는 그리 다양하지 않습니다. 유전 정보가 70개인가 밖에 안 들어 있다고 하더군요.

그리고 Y염색체의 다양성이 생기는 원인은 다른 염색체와 같습니다. 돌연변이죠. (구체적으로는 염색체 교차라든가 여러가지 방식이 있지만요)

그렇게 돌연변이 된 Y 염색체 중 못 써 먹을 것들은 도퇴되고, 남은 것들은 또 가끔씩 돌연변이로 다양해지면서, 어느 특정한 정도로 다양성이 수렴하게 됩니다.

크게 보면 Y염색체 만이 아니고 유전자 전체가 그렇습니다. 못 써먹을 물건은 계속 도태되고, 남은 것들이 돌연변이로 계속 다양해지죠.

기본적으로 단일 염색체에는 크게 두가지의 DNA의 종류가 있습니다. 하나는 단백질을 만드는 DNA부분과 단백질 만들지 못하고 리보솜 단계에서 잘려지는 DNA입니다. 대부분의 DNA는 이러한 구조가 단일 생명체 내에서는변하지 않지만 유전의 경우 하나의 DNA변화만으로도 전체 단백질 구조가 변할수 있으며 이렇게 된 경우, 대부분은 죽지만(or 도태되지만) 살아남아서 자손을 남길 가능성도 있게 되는 거죠. 단순히 유전이 된다는 것은 염색체의 한개가 반으로 잘려서 정보를 준다는 개념 자체이상의 개념을 가지게 됩니다. 즉 AA를 가지고 있는 사람이 A를 남겨주기만 할수도 있지만 사실상 A' 혹은 A""(심하게 변질되면 사실상 B)라는 유전자를 줄수 있는 것이죠.

Y염색체와 같은 경우도 특이하다고 할수 있지만 역시 DNA의 집합체인 염색체일 뿐입니다. 한개의 DNA이상인 point mutation부터 여러개의 DNA변화 혹은 DNA서열의 옮김등에 의해서 충분히 다양한 돌연변이가 발생할수 있습니다. 그리고 이 미세한 차이는 형질의 차이를 낳을수 있는 것이죠.

즉 아버지의 Y염색체가 아들과 상동할 가능성은 상당히 높습니다만 세대를 거듭되면서 완전히 동일한 유전자가 유전될 확률도 매우 낮다고 말할수 있겠습니다.

이렇게 단일 유전자에서 생기는 mutation에는 Nonsense mutation, Missense mutation, Frameshift mutation, Neutral mutation, Silent mutation, substitution (Transversion, Transition)등 다양한 종류가 있습니다. 좀더 알고 싶으시다면 키워드로 googling을 추천해 드립니다.