SF / 과학 포럼
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생물학 관련 글을 보다가 selective sweep 의 hard sweep model 하고 soft sweep model이란 단어가 나왔는데 정확한 용어설명이 전혀 없네요.
selective sweep는 뭐고, hard sweep model 하고 soft sweep model의 차이는 또 뭔가요?
Populations adapt to their environment through fixation of beneficial alleles. Such fixation events leave a signature in neutral DNA variation of the population. An accurate description of this signature, also called a selective sweep, can be used to identify genes that have been involved in recent adaptations.
population은 그들에게 도움이 되는 대립유전자(alleles)를 고정화(fixation)하여 그들의 환경에 적응해 갑니다. 이런 고정화 현상은 그 population의 기본 DNA 다양성(variation)에 표식(signature)를 남깁니다. 이런 표식-selective sweep라고도 불리는-들에 대한 정확한 description은 근래의 적응과정에 연관된 gene을 구분하는데 쓰입니다.
따로 인터넷을 검색해 보면,
selective sweep-> 유전체 부위 주변의 감소 또는 결실 이라고 나오는군요.
One assumption of the simplified model is that only descendants of a single copy of the beneficial allele contribute to fixation. This may be different if 1) selection acts on the standing genetic variation or 2) adaptation occurs from recurrent mutation or migration. If (descendents of) multiple copies of a beneficial allele are involved in its fixation, this has consequences for the signature of selection. We therefore call such a signature a “soft selective sweep” and distinguish it from the classical pattern of a “hard sweep,” in which only a single copy is involved
이건 대충하면 하나의 beneficial allele의 copy만이 fixation에 연관되었을 경우는 고전적인 형태인 'hard sweep'
여러개의 beneficial allele의 copy가 fixation에 연관이 되었을 경우에는 'soft selective sweep'이라고 하는거 같군요
제가 이쪽전공도 아니고, 번역도 잘은 못하지만, 참고가 되었으면 좋겠습니다.
영어에 약하시다면, 영어를 하셔야 됩니다.
인터넷의 정보의 90%정도는 영어니까요...
영문 위키는 좋은것입니다...
알아보니, 알기 쉽게 설명하자면..
selective sweep이란, 진화과정에 변화가 안정되어 유전자풀이 더이상 확장되지 않는 것을 말합니다.
(유전자풀이란, 한 종족간에 DNA 다양성을 말합니다.)
soft sweep model은 카발라 님의 링크에 따르면...
... 아 제가 잘못 이해한듯.. 수정하겠습니다..
으윽 수정하는데 다시다니...
http://www.newton.ac.uk/programmes/SCB/Poster2/pennings.pdf
http://pritch.bsd.uchicago.edu/publications/pdfs/PritchardEtAl10.pdf
음... 제가 틀릴 수도 있는데... 카발라 님의 말을 다시 말하자면...
위키피디아를 다시 읽어보니..
하나의 우점적인 변이가 일어났을 때, 그 변이들이 한 개체의 유전자풀을 잠식할 때 일어나며, 자연선택된 DNA변이들 외에 다른 DNA의 다양성들이 차단되는 것을 말하는 것 같습니다.
(A selective sweep is the reduction or elimination of variation among the nucleotides in neighbouring DNA of a mutation as the result of recent and strong positive natural selection. A selective sweep can occur when a new mutation occurs that increases the fitness of the carrier relative to other members of the population.)
하드 스윕은 강한 자연선택으로 인해, 새로운 변이들이 빠르게 종 사이에서 퍼지는 것 같고.
(the data also suggest that it is unusual for strong selection to drive new mutations rapidly to fixation in particular populations
(the ‘hard sweep’ model).)
소프트 스윕은 다량의 변이들이 종에서 생겨났을 때나, 선호되는 변이가 되거나 하여서, 한번에 일어나는게 아니라 천천히, 그러나 자주 일어나는 선택으로 점령되는 것 같습니다.
(Soft sweep: this term was introduced to describe two slightly different scenarios that both contrast with the standard hard sweep model [41].
In one scenario, due to a change in selection, an allele that is already segregating in the population (i.e., standing variation) becomes
selectively favored, and sweeps up in frequency. It is usually assumed that the allele is neutral or mildly deleterious prior to the change in
selection. In the second scenario, multiple independent mutations at a single locus are all favored and all increase in frequency
simultaneously until the sum of the frequencies is 1. If the favored alleles are all similarly advantageous, then typically none of the favored
mutations would fix during the selective event. Both scenarios tend to be more difficult than hard sweeps to detect using standard tests of
selection.)
아... 이번엔 맞겠지...;
일반적인 개념이 아니라 누군가 제안한 개념인가 보내요. 아래 글에 설명이 나옵니다.
http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.0020186